Курсовая работа по биоинформатике на тему Поиск белков-мишеней циклопентеноновых простагландинов
Скачать 247.85 Kb.
|
| Рецепторы - это специальные соединения на поверхности или внутри клеток органа-мишени, которые связывают гормон (в общем случае лиганд), доставляемый к его месту действия кровью, и, как следствие такого связывания, индуцируют реакции (или серию реакций), обеспечивающие конечный эффект гормона (лиганда). Гормональные рецепторы являются крупномолекулярными белками, способными нековалентно связывать гормон, и делятся на две группы в зависимости от типа связываемого гормона. Липофильные гормоны (стероиды, тироиды) легко проходят через клеточную мембрану и связываются с рецептором, локализованном либо в цитоплазме, либо в ядре клетки. Гидрофильные гормоны, не способные проникать внутрь клетки, связываются с рецепторами на поверхности клетки, что обеспечивает запуск передачи сигнала внутри клетки. Независимо от локализации, рецепторы имеют ряд общих характеристик.
PPAR. PPAR принадлежат суперсемейству стероидных/тироидных ядерных гормональных рецепторов. Они найдены во многих видах, включая Xenopus , мышь, крыса, человек. Имеется 3 изоформы () соответственно NR1C1, NR1C2 и NR1C3, согласно единой номенклатуры ядерных рецепторов, которые имеют типичный домен организации ядерных рецепторов [11]. N-концевой A/B домен содержит лиганд-независимую функцию трансактивации. В и изотипах активность этого домена может регулироваться фосфорилированием MAPK. C- конец – это DNA связывающий домен с типичным мотивом “two zinc-finger-like», как ранее было показано для стероидных рецепторов. E/F домен – связывает лиганд. Он содержит лиганд-зависимую функцию трансактивации, AF-2, и способен взаимодействовать с коактиваторами транскрипции, такими как SRC-1 и CBP, в лиганд-зависимой манере. PPAR действуют как промотеры генов-мишеней как гетеродимеры с обязательным партнером RXR (NR2B), ядерном рецепторе для 9-cis ретиноидной кислоты. Для сравнения изоформ смотри обзор [12, 14]. ^ Содержит трансактивационную функцию, которая впервые была охарактеризована в опытах по трансфекции, использующих PPAR LBD сплавленный с DNA-связывающим доменом рецепторов к эстрогену. Эти исследования показали, что соединения, вызывающие пероксисомную пролиферацию способны активировать PPAR. Дальнейшие исследования показали, что PPARs могут быть активированы множеством полиненасыщенных жирных кислот в микромолярном концентрационном диапазоне, а также маленькими синтетическими молекулами типа тиазолидиндионов и L-тирозин анологи в наномолярном диапазоне. Наблюдаемые различия в лигандах к PPAR привели к предположению, что они отражают некоторые необычные свойства лиганд-связывающего домена. Тем не менее, PPAR LBD представляет общую трехмерную складку, очень похожую на другие рецепторы. PPAR, PPAR, PPAR LBD состоят из 13 спиралей и маленкого четырех-скрученного листа, образующих большой Y-образный гидрофобный карман. Этот карман представляет лиганд-связывающую полость и имеет объем примерно 1300 А3 , что вдвое больше, чем у других ядерных рецепторов. Например, лиганд-связывающая полость тироидного рецептора имеет объем около 600 А3 . В случае PPAR и -лиганд занимает ~ 30-40% кармана, в противоположность тироидному рецептору, где лиганд заполняет около 90% кармана. Кроме большого размера, другая характерная черта PPAR-связывающего кармана заключается в том, что нижняя часть запечатывается спиралью 2, которая отсутствует в других ядерных рецепторах. Эта особенная спираль может увеличивать размер кармана, и возможно участвует во входящем канале для лиганда. Положение лиганда в PPARLBD была определена для EPA. EPA взаимодействует врямо с С-концевой спиралью, содержащей the activation function 2 core (ядро). Его гидрофобный хвост может принимать 2 конформации внутри полости, каждая из которых стабилизируется гидрофобным взаимодействием с LBD. Однако, карман PPARLBD отчасти узковат в области AF-2 спирали, что затрудняет прием некоторых лигандов, таких как тирозин-содержащих молекул, что и вносит вклад в особенности связывания на этом подтипе. Интересно, что структурное выравнивание лиганд-связывающих полостей PPAR and PPAR в сочетании с анализом мутантов, показало, что селективность лигандов зависит от идентичности одной аминокислоты в спирали 5 (тирозин в PPAR и гистидин в PPAR. Эта селективность кажется консервативной между различными классами лигандов и соответствует внутренним свойствам рецепторов. Характеристики PPARLBD дают представления о предрасположении PPARs к взаимодействию к различным натуральным и синтетическим лигандам. ^
|
Похожие:
 | Курсовая работа по биоинформатике Тема : идентификация белка, исследование его аминокислотной последовательности и построение филогенетического древа гомологов | | Курсовая работа по биоинформатике ... |
| Курсовая работа для студентов 1-3 курсов по биоинформатике Механизм взаимодействия циклооксигеназного и пероксидазного активных центров фермента pghs. (на основании литературных данных и расчетов... | | Курсовая работа для студентов 1-3 курсов по биоинформатике Анализ трехмерных структур изоферментов простагландин h синтазы и оценка влияния точечных аминокислотных замен на структурные и функциональные... |
| Урок по обществознанию на тему: «Поиск работы» Урок на тему «поиск работы» проводится с целью формирования знаний об эффективных способах найти работу |  | Курсовая работа на тему: “ Административное |
| 2. Обзор литературы Апоптоз Поиск белков, с одночастичным сигналом ядерной локализации, расщепляемых каспазами при апоптозе | | 2. Обзор литературы Апоптоз Поиск белков, с одночастичным сигналом ядерной локализации, расщепляемых каспазами при апоптозе |
| Отзыв на курсовую работу студентки второго курса Факультета биоинженерии... Отзыв на курсовую работу студентки второго курса Факультета биоинженерии и биоинформатики Федосеевой С. В. «Поиск растительных белков... |  | Курсовая работа по литературе На тему: “Вий” Николая Васильевича Гоголя |